Neben seiner Ausbildung zum Facharzt für Allgemeinchirurgie und Unfallchirurgie sowie Orthopädie und Unfallchirurgie sowie Sportmedizin hat sich Prof. Habermeyer seit 1982 wissenschaftlich und klinisch auf das Schultergelenk spezialisiert und 1984 an der Chirurgischen Universitätsklinik München die erste Deutsche Spezialambulanz für Schulterchirurgie eröffnet. 1986 erweiterte er neben der üblichen offenen Schulteroperation sein operatives Spektrum sowohl mit der Schulterarthroskopie als auch mit der Schulterprothetik. 1990 erschien sein erstes Lehrbuch zur Schulterchirurgie, das heute in der 5. Auflage mit über 15.000 verkauften Exemplaren das Standardlehrbuch im deutschsprachigen Raum darstellt. Nach Gründung des Deutschen Schulterzentrums 2012 verfügt Prof. Habermeyer heute über eine breite chirurgische Erfahrung mit über 20.000 schulterchirurgischen Operationen, davon über 3.000 Schulterprothesen. Mehr als 100 wissenschaftliche Publikationen und jahrzehntelange Kongresstätigkeit geben seine klinisch wissenschaftliche Erfahrung weiter.
Im Oktober 2020 eröffnete Prof. Dr. med. Peter Habermeyer das „Schulterzentrum Prof. Habermeyer im Ärztehaus in der Törringstrasse 6 mit angeschlossenem MRT und CT sowie interdisziplinärer medizinischer und physiotherapeutischer Zusammenarbeit.
Seit April 2023 ist als kommender Nachfolger Prof. Dr. med. Gunther Sandmann von der Uniklinik Tübingen mit an Bord gekommen. Nach 45 Berufsjahren beendet Prof. Habermeyer seine aktive Laufbahn und ist in beratender Funktion noch tätig.
Ab November 2024 bietet Prof. Habermeyer eine Video-Sprechstunde für Patienten mit Komplikationen nach Schulteroperation an (www.komplikationen-schulter-op.de/).
Im Sinne einer Zweit- oder Drittmeinung berät er neutral Patienten mit fehlgeschlagenen Schulteroperationen hinsichtlich einer weiteren Behandlung – ob konservativ oder operativ – und empfiehlt dafür geeignete Schulterspezialisten oder Physiotherapeuten. Nach einer 30-minütigen Video-Untersuchung und Beratung unter Berücksichtigung vorher eingesendeter Röntgen- und Kernspin-, bzw. CT-Bilder wird ein ausführlicher Arztbericht zugesandt.